在上海市的二手房交易市场中，关于个人所得税（以下简称“个税”）的征收标准，尤其是“按交易总额的1%征收”还是“按差额的20%征收”的问题，常令买卖双方感到困惑。这两种计算方式并非可随意选择，其适用在法律上有明确的规定与前提条件。本文旨在依据相关税收法律法规，对上海地区二手房交易中个人所得税的征收规则进行梳理与解析。
需要明确的是，在二手房交易中，个人所得税的纳税义务人原则上为出售房屋的卖方。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，财产转让所得应缴纳个人所得税，而房产转让所得即属于此类。应纳税所得额为转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，适用税率为20%。这便是“差额20%”计算方式的法定来源。所谓“差额”，通常指本次出售的合同成交价，减去房屋原购入价格、购入时缴纳的契税、本次出售所缴纳的增值税及附加、以及装修费用（需提供合规发票）等合理成本后的余额。
在现实的税收征管实践中，由于部分房屋持有年限较长，原始购房凭证可能遗失，或难以准确计算装修成本等合理费用，导致无法准确核算“财产原值”和“合理费用”。针对这种普遍情况，国家税务总局在《关于个人住房转让所得征收个人所得税有关问题的通知》（国税发〔2006〕108号）中规定，纳税人未提供完整、准确的房屋原值凭证，不能正确计算房屋原值和应纳税额的，税务机关可依法对其实行核定征税。在上海市的具体执行中，对于不符合免税条件的住房，若纳税人无法提供完整准确的成本凭证，税务机关通常按纳税人住房转让收入的一定比例核定应纳个人所得税额。目前，这一核定征收率普遍为总房价的1%（个别情况下可能为2%）。这便是“总额1%”计算方式的政策依据。
两种税率计算方式的核心区别在于计税依据的不同，其适用存在先后顺序。“差额20%”是基本原则，而“总额1%”是在无法适用“差额20%”时的补充核定征收方式。对于卖方而言，若能提供清晰完整的购房发票、契税完税证明、装修费用发票等凭证，从而能够准确计算房屋原值及合理费用，则必须采用“差额20%”的方式计算个税。反之，若无法提供或资料不全，则通常由税务部门按核定征收率（即总价的1%）进行计算。
个人所得税的征收存在重要的免税情形。根据现行政策，对个人转让自用达五年以上、并且是家庭唯一生活用房（即通常所说的“满五唯一”）取得的所得，免征个人所得税。这一优惠政策在上海同样适用，且是二手房交易中降低税费成本的关键因素。对于符合“满五唯一”条件的住房，无论其原值凭证是否齐全，均无需缴纳个人所得税。
上海二手房交易中的个税问题，不能简单地回答是1%还是20%。其法律适用逻辑是：首先判断是否满足“满五唯一”的免税条件；若不满足，则优先采用“差额20%”的计算方式，但该方式以卖方能提供完整成本凭证为前提；当成本凭证不全时，则适用“总额1%”的核定征收方式。交易双方在签约前，应结合房屋的具体产权年限、家庭持有住房情况以及原始票据的保存状况，提前咨询税务部门或专业机构，以准确预估税负，避免因税费问题产生交易纠纷。