刑事案件一经立案，即标志着国家刑事追诉程序的正式启动。立案作为刑事诉讼的起始环节，其后的流程严格遵循《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，旨在查明犯罪事实、追究犯罪者责任并保障诉讼参与人的合法权益。此后的程序环环相扣，构成一个严谨的法律实施体系。
立案后，侦查机关随即展开侦查活动。这是查明案件事实、收集固定证据的关键阶段。公安机关或人民检察院的侦查人员将依法进行讯问犯罪嫌疑人、询问证人、勘验检查、搜查、鉴定等一系列专门调查工作，并采取必要的强制性措施，如拘传、取保候审、监视居住、拘留或逮捕，以防止犯罪嫌疑人逃避侦查或继续危害社会。侦查必须全面、客观，既要收集有罪、罪重的证据，亦需注意无罪、罪轻的证据。侦查终结时，若认为犯罪事实清楚，证据确实、充分，则应制作起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
案件进入审查起诉阶段。人民检察院肩负着对侦查结果进行法律监督和过滤的重要职责。检察人员需全面审查案卷，讯问犯罪嫌疑人，听取辩护人、被害人及其诉讼代理人的意见，以核实证据的合法性、客观性与关联性。经审查，检察院可能作出三种决定：对于犯罪事实已查清，证据确实充分，依法应追究刑事责任的，作出提起公诉的决定；对于不构成犯罪或依法不应追究刑事责任的，作出不起诉决定；对于证据不足、需要补充侦查的，可以退回侦查机关补充侦查或自行侦查。提起公诉时，检察院需向有管辖权的人民法院提交起诉书。
随后是审判阶段，这是刑事诉讼的核心。人民法院受理公诉案件后，将进行庭前审查，以决定是否开庭审理。开庭审理主要包括法庭调查、法庭辩论、被告人最后陈述及评议宣判等环节。在此过程中，控辩双方平等对抗，法院居中裁判，通过对证据的质证与辩论，最终认定案件事实并适用法律。一审法院可能作出有罪判决或无罪判决。被告人不服一审判决，有权在法定期限内向上一级人民法院提出上诉，人民检察院认为判决确有错误亦可提出抗诉，从而引发二审程序。二审判决一般为终审判决。
对于已生效的判决和裁定，若发现确有错误，还可通过审判监督程序即再审程序予以纠正。判决生效后即进入执行阶段，由人民法院、监狱或其他执行机关负责执行死刑、监禁、罚金等刑罚。整个流程中，犯罪嫌疑人、被告人的辩护权、上诉权等诉讼权利均受法律保障，司法机关必须严格遵守法定程序与时限，确保司法公正与效率，实现惩治犯罪与保障人权的平衡。