刑事案件办案程序是指公安机关、人民检察院和人民法院在办理刑事案件过程中，必须遵循的法定步骤、方式和时限。该程序以《中华人民共和国刑事诉讼法》为核心依据，贯穿于从立案侦查到判决执行的全过程，其根本目的在于准确、及时地查明犯罪事实，正确适用法律，惩罚犯罪分子，同时保障无罪的人不受刑事追究，实现司法公正与人权保障的平衡。
程序的启动始于立案。公安机关、人民检察院或人民法院发现犯罪事实或犯罪嫌疑人，经审查认为需要追究刑事责任时，即应立案。立案是刑事诉讼的起始和必经阶段，标志着国家刑罚权正式启动。对于报案、控告、举报和自首的材料，司法机关需迅速审查，决定是否立案，并保障控告人不服不立案决定的申请复议权。
立案后进入侦查阶段。主要由公安机关（或特定案件中的检察机关）负责，任务是收集、调取证据材料，查明案情，抓获犯罪嫌疑人。侦查措施包括讯问、询问、勘验、检查、搜查、查封、扣押、鉴定、技术侦查以及通缉等。法律对各项措施的实施条件与程序有严格规定，例如讯问时应有不少于两名侦查人员在场，并保障犯罪嫌疑人的基本权利。侦查终结后，若案件事实清楚，证据确实、充分，公安机关应制作起诉意见书，连同案卷材料一并移送人民检察院审查。
随后是审查起诉阶段。人民检察院对移送案件进行全面审查，核实证据，讯问犯罪嫌疑人，听取辩护人及被害人意见。审查后可能作出三种决定：对于犯罪事实已查清、证据充分的，依法提起公诉；对于不构成犯罪或依法不应追究刑事责任的，作出不起诉决定；对于证据不足、需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查或自行侦查。此阶段是连接侦查与审判的关键环节，负有过滤和把关的职责。
审判是刑事诉讼的中心环节。人民法院对提起公诉的案件进行审查后，对于起诉书中有明确指控犯罪事实的，应当决定开庭审判。庭审包括开庭、法庭调查、法庭辩论、被告人最后陈述、评议和宣判等步骤。法庭审理遵循公开审理、辩论原则、直接言词原则等，旨在通过控辩双方的平等对抗，查明事实，适用法律。根据案件性质及可能判处的刑罚，审判程序分为第一审程序、第二审程序、死刑复核程序以及审判监督程序（再审程序）。一审判决后，当事人不服有权提起上诉，检察机关可提起抗诉，从而启动二审，二审判决一般为终审判决。
判决生效后进入执行阶段。这是实现刑罚内容的关键步骤。根据刑罚种类不同，由人民法院、公安机关或监狱等机关负责执行。例如，死刑、罚金、没收财产由法院执行；有期徒刑、无期徒刑由监狱执行；拘役、剥夺政治权利由公安机关执行。执行过程中，若发现判决可能有错误或罪犯符合法定条件（如患有严重疾病、怀孕等），可依法暂停执行。对于确有悔改或立功表现的罪犯，还可依法适用减刑、假释。
特别程序也是重要组成部分，如未成年人刑事案件诉讼程序、当事人和解的公诉案件程序、缺席审判程序、犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得的没收程序以及依法不负刑事责任的精神病人的强制医疗程序。这些程序针对特定案件类型或特定主体，体现了法律的特殊关怀与社会防卫功能。
整个办案程序严格遵循法定原则与比例原则，强调证据裁判，非法证据应予排除。司法机关在各个环节既相互配合，又相互制约，当事人及其辩护人、诉讼代理人享有广泛的诉讼权利。严谨的程序设计，旨在将追诉犯罪的活动纳入法治轨道，最大限度地防止冤假错案，维护社会公平正义，是法治国家刑事司法文明的集中体现。